Obstajata dve glavni metodi za sintezo knjižnice peptidov: monomerna metoda in submonomerna metoda.
Monomerna metoda
Monomerna metoda je tradicionalni pristop za sintezo peptidne knjižnice. Pri tej metodi je treba najprej sintetizirati vse zaščitene monomere, postopek sinteze vsakega zaščitenega monomera pa je okoren in dolgotrajen.
Metoda sekundarnega monomera
Metoda sekundarnega monomera ne zahteva monomerov z zaščitenimi alfa amino skupinami. Ta metoda je sestavljena iz dveh korakov: nukleofilne substitucije, ki ji sledi acilacija. Submonomerna metoda omogoča uporabo katerega koli komercialno dostopnega ali sintetično dostopnega amina z velikim potencialom za kombinatorično kemijo.